Иногда программа не распознает слишком мелкие отличия или не такие уж мелкие, но не контрастные. Надо смотреть, чтобы не только количество совпадало, но и проверять, все ли отличия показываются правильно. Если, конечно, хочется, чтобы результатом были довольны не только авторы...