С программой анализа все в порядке

С программой анализа все в порядке. На картинке изображен максимум того, что программе удалось решить логически, без перебора. Значит, если показано 96 процентов, то и картинка должны быть заполнена на 96%. Т.е. 4 процента клеток должны быть пустыми. Чтобы достичь 100% решаемости попробуйте добавить/удалить/изменить несколько клеток в том месте, где решение, судя по картинке, оборвалось. Картинка для того и показывается, чтобы легко найти проблемные места.